Teniendo todo esto por bueno y necesario, acuden los REYES CATÓLICOS al Pontífice SIXTO IV (1471-1484) si bien dejan claro que el tribunal inquisitorial, si se les concede, debe estar bajo su tutela directa. SIXTO IV, en la fecha, otorga a los REYES CATÓLICOS una bula «Exigit sinceras devotionis affevtas» por la cual se les permite designar inquisidores con destino a Sevilla. Dos gravísimos males debía remediar el Tribunal de la Inquisición: la insolencia judaica y el que el pueblo se tomara la justicia por su mano. Es el acta de nacimiento de la Inquisición Española que, dotada de grandes medios, pretende la unidad religiosa de España con la persecución de los falsos conversos del judaísmo. Este acta sienta las bases de la Inquisición moderna, con su clara diferenciación con la medieval. Los dos principios básicos de la estructura del Santo Oficio son, de una parte, la rígida centralización a través del Inquisidor general y el Consejo de la suprema y, de otra, el control directo de la amplísima base territorial a través de los tribunales de distrito, lo que permitía una mayor eficacia en su actuación. El nuevo tribunal estará compuesto por eclesiásticos, pero se quedará bajo la estrecha vigilancia del Estado.

El Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición o La Inquisición Española a diferencia de la Inquisición medieval, depende directamente de la corona española. Se implanta en todos los reinos de la Corona de Castilla y Aragón donde antes no ha existido, en Sicilia y Cerdeña (que forman parte de la Corona de Aragón) y en los territorios de América (habrá tribunales de la Inquisición en México, Lima y Cartagena de Indias). La Inquisición se convertirá en la única institución común a todos los súbditos de la Corona, con excepción de la propia Corona, a quien servirá como instrumento del poder real: era un organismo policial interestatal, capaz de actuar a ambos lados de las fronteras entre las coronas de Castilla y Aragón, mientras que los agentes ordinarios de la Corona no podían rebasar los límites jurisdiccionales de sus respectivos reinos. Durante varios siglos reprimirá las ideas intentando homogeneizar España religiosa, cultural y hasta étnicamente.

En 1479, el Papa SIXTO IV, concede una bula a los Reyes Católicos para que funden el convento de la Santa Cruz en Segovia. Fray Tomás de TORQUEMADA, es enviado a este convento llegando a adquirir el cargo de prior. En ese mismo año, el rey FERNANDO solicita al Papa que dispense a fray Tomás de sus obligaciones monacales para que pueda salir del convento y dedicarse a confesar a los muchos notables que, a imitación del soberano, requieren sus servicios. Esta proximidad a la corte facilitará su carrera hacia el cargo de inquisidor.

A Juan II le sucede en el trono de Aragón su hijo FERNANDO II el Católico (1479-1516) que ha sido reconocido heredero desde la muerte del príncipe de Viana. Hace ya diez años que se ha casado con ISABEL de Castilla. Así, pues, desde este momento, es una realidad la unidad dinástica de las coronas de Castilla y Aragón. El acontecimiento ha sido presentado tradicionalmente como el punto de partida de la » unidad nacional española». En realidad es una unión puramente dinástica. Lejos de suponer la creación de un Estado unificado y centralizado para el conjunto de los territorios, cada uno de ellos mantendrá sus instituciones, sus Cortes e incluso sus aduanas y su sistema monetario. Pero la conjunción de esfuerzos de Castilla y Aragón permitirá a los Reyes Católicos parangonarse con monarcas vecinos coetáneos, como LUIS XI de Francia o ENRIQUE VII de Inglaterra.

El rey de Aragón es FERNANDO (con ISABEL), la reina de Castilla es ISABEL (con FERNANDO). Ninguno de los dos estaba destinado a llegar al trono. FERNANDO se ha beneficiado de la muerte de su hermano mayor Carlos de Viana e ISABEL se ha apropiado del trono que correspondía a su sobrina Juana mediante una guerra civil en Castilla. En este matrimonio, el «Tanto monta» tantas veces repetido, no es una muestra de igualdad, sino de precaución jurídica. En estas condiciones la personalidad de las diversas nacionalidades quedará preservada. En efecto, Castilla y la Corona de Aragón no son fusionadas sino que dan origen a una monarquía compuesta. Muchas monarquías europeas de la edad media son monarquías formadas por diferentes Estados que lo único que tienen en común es el monarca.

La monarquía hispánica de los Reyes Católicos esta compuesta por las coronas de Castilla y Aragón. Y éstas, también, están compuestas por diferentes Estados cada uno con sus instituciones que redactan sus leyes, fijan sus impuestos, establecen el valor de su moneda o determinan sus formas de movilización militar. Son dos coronas muy distintas en su concepción con instituciones diferentes, derechos y privilegios diversos y una situación social, demográfica y económica que en Castilla se está incrementando mientras en Aragón presenta una gradual regresión.

Mientras ALFONSO V de Portugal intenta una alianza con LUIS XI de Francia, los Reyes Católicos se afianzan, gracias en gran parte a la actuación de la Santa Hermandad que ellos han creado y que contribuye poderosamente a pacificar el reino. Tiene lugar, en la fecha, la Batalla de Albuera (Badajoz) entre las tropas de FERNANDO el Católico y ALFONSO V de Portugal. El rey portugués, que presta apoyo a la BELTRANEJA, es derrotado, y los partidarios de ésta se ven obligados a deponer las armas.

Desde su casamiento con la infanta ISABEL de Castilla, el infante FERNANDO vive en el reino de su esposa -a parte de esporádicas salidas- y actúa dentro de la política castellana. Formado en la corte de su padre JUAN II en el período de la guerra de Catalunya contra su padre, no tiene simpatías por los catalanes y la intervención en los asuntos castellanos acaba por redondear una personalidad muy compleja y nada amiga de las libertades que la nobleza catalana quiere mantener.

Tras la batalla de Albuera, en la fecha, se firma el Tratado de Alcaçobas entre los REYES CATÓLICOS y sus rivales (la princesa JUANA la Beltraneja, heredera de Castilla, y ALFONSO V de Portugal). Por este tratado se pone fin a las hostilidades y a la guerra de sucesión para el trono de Castilla, pacificándose este reino. Portugal evacua los territorios ocupados y reconoce a ISABEL y a FERNANDO como reyes de Castilla. ALFONSO renuncia a su aventura castellana y puesto que su matrimonio con JUANA la Beltraneja no ha sido consumado, anula dicho matrimonio. Al tiempo se acuerda el matrimonio de la infanta castellana ISABEL con el príncipe JUAN, heredero del trono lusitano. Como contrapartida, Castilla se compromete a no interferir la expansión portuguesa a lo largo de las costas de África, aceptando las conquistas portuguesas en África y las islas de Madeira, Cabo Verde y las Azores.

Los REYES CATÓLICOS se comportan con el clero como con la alta aristocracia; pues, muy a menudo, los prelados de la época son los familiares o los aliados de los grandes señores feudales y participan del mismo estado de ánimo, de las mismas ambiciones y de la misma voluntad de poder. Los REYES CATÓLICOS deciden escoger ellos mismos a los titulares de los obispados, en función de criterios que acaban imponiendo: Se excluye, salvo excepciones, a los extranjeros; se descarta a los candidatos de la alta nobleza y, en fin, son siempre letrados y hombres de una moralidad irreprochable. Estos criterios muestran que la actitud de los REYES CATÓLICOS se explica tanto por la preocupación de elevar el nivel intelectual y moral del alto clero como por el deseo de hacer de los obispos colaboradores fieles al régimen, lo que no quiere decir que impusieran un clero a su disposición.