Tras la elección del papa JULIO II, enemigo de los BORGIA, CÉSAR BORGIA huye a Nápoles con el resto de la familia BORGIA. El Gran Capitán lo encarcela por orden de FERNANDO el Católico y lo envía al castillo de Chinchilla. Posteriormente es trasladado al castillo de la Mota, en Medina del Campo.

HUG ROGER III -último conde de Pallars-, que en el último tramo de su vida es gobernador del Castell Nou de Nápoles, es capturado en Nápoles por las tropas de GONZALO FERNÁNDEZ de Córdoba, el Gran Capitán, siendo conducido, con los grilletes puestos, a Barcelona, donde llega el 14/12/1503. HUG ROGER III sobre el que pende la pena de muerte, ve que por su avanzada edad, ésta le es conmutada por reclusión perpetua. Es trasladado a los calabozos de la prisión de Xàtiva, capital de la comarca valenciana de la Costera. Su pecado ha sido enfrentarse a la monarquía de los Trastamara: primero a la del rey Juan II y, posteriormente, a la de su hijo FERNANDO II el Católico.

Las labores forzadas, abusos, enfermedades contra las cuales los indios no tenían inmunidad, y el crecimiento de la población mestiza, contribuyen todos a la eliminación del Taino y de su cultura. Las consecuencias de ello serán profundas. La necesidad de nueva fuerza laboral para el cultivo creciente de la caña de azúcar obligará a la importación de esclavos africanos ya desde 1503. Como una solución racional se adopta la encomienda o hacienda por una real cédula de veinte de diciembre de 1503. A cada encomienda se asigna un grupo de indios que bajo la dirección del encomendero trabajarán la tierra. A cambio, el encomendero se compromete a alimentarlos, cuidarlos y evangelizarlos. En teoría no está mal, pero lo que harán los encomenderos será explotarlos como esclavos. Los Reyes Católicos primero y el Consejo de Indias después, legislarán a favor de los indios y promulgarán leyes humanitarias. La dura realidad será que las leyes quedarán en papel mojado y que a seis mil kilómetros de distancia, océano por medio, no habrá manera de velar por su cumplimiento. \»Se acata pero no se cumple\», declaran cínicamente los encomenderos.

FERNANDO II de Aragón, recupera Nápoles. Rey de Nápoles (Fernando III de Nápoles, 1504 – 1516). Sin embargo, mantiene dos virreinatos diferentes, uno para Sicilia y otro para Nápoles. La situación de Sicilia dentro de la Corona de Aragón resulta incómoda para los reyes aragoneses, por lo que sufre varios intentos de variación a lo largo del tiempo: Fernando el Católico quiere mermar bastante la autonomía de los virreyes, consciente del riesgo que implica el inmenso poder que estos adquieren en el desempeño de sus funciones.

HUG ROGER III muere en el mayor abandono el mes de abril de 1504. Su confesor no pudo absolverle porque no quiso perdonar: «Has de perdonar; Aquel que murió por nosotros, a los verdugos perdonó» «Yo a mis verdugos perdonaría; a los de Catalunya, jamás» (De la poesía «Lo darrer Pallars»). Con HUG ROGER III, último representante de la casa de Pallars, se acaba la estirpe condal mas duradera de la historia de Catalunya, con una trayectoria de más de seiscientos años que se ha iniciado a finales del siglo IX. Pocas páginas de gloria tiene Catalunya sin figurar en ellas algún hijo de la Casa de Pallars.

El Tratado de Blois ratifica el acuerdo de matrimonio de Carlos V, tomado por su padre Felipe el Hermoso a espaldas del rey aragonés Fernando II, lo que disgustará a éste y le enfrentará con su yerno.

El testamento de Isabel la Católica nos muestra la alta estima y valor que ha alcanzado Gibraltar. En efecto, manda a sus sucesores -entre ellos su marido FERNANDO de Aragón- respecto a Gibraltar: «que no la den (Gibraltar), ni enajenen, ni consientan dar ni enajenar, ni cosa alguna de ella…»

Tres días antes de su muerte, en la fecha, ISABEL de Castilla añade un codicilo al testamento que ha dictado unas semanas antes, el 12 de octubre, de manera que, definitivamente, el testamento nombra heredera a su hija JUANA, y en caso de muerte de ésta o de alguna otra razón que imposibilite su correcta gobernación, al hijo de JUANA, nieto de ISABEL, el infante don CARLOS. En este último caso, designa como regente a su esposo don FERNANDO de Aragón, en tanto no cumpla los veinte años su nieto CARLOS. Queda claro, por los términos del testamento, la desconfianza de ISABEL a lo que pudiese suponer el gobierno de Castilla por un príncipe extranjero.

A partir de este momento España entra en un período de crisis, de luchas y de alianzas entre las distintas facciones de la nobleza y la monarquia. La nobleza que ha salido fortalecida económicamente del reinado de los REYES CATÓLICOS, aspira a recuperar su influencia en el poder político con un rey menos firme que FERNANDO. La banca castellana ha crecido y sus intereses se dirigen al fortalecimiento de las relaciones comerciales con los Países Bajos y para ellos CARLOS -nieto de los REYES CATÓLICOS- es una garantía que asegura sus posibilidades de expansión comercial.

En la fecha, tras varios meses de enfermedad y muy afectada por la sucesión de desgracias familiares, muere en Medina del Campo la reina ISABEL a la edad de 53 años. El hecho de la muerte, de ISABEL la Católica tiene consecuencias trascendentales desde el punto de vista político, pues pone fin a la «unión» de Castilla y Aragón. En efecto, su marido FERNANDO de Aragón no tiene ya ningún derecho a ejercer el poder en Castilla y la corona recae en la heredera legítima, JUANA. FERNANDO se apoya en el codicilo añadido por ISABEL en su testamento tres días antes, y considera que «el mal de la cabeza» que padece su hija le impide gobernar, como ha previsto la reina Isabel y como señala la información de Martín de Múgica. En carta a FELIPE el Hermoso, FERNANDO el Católico concluye que la única solución es encerrar a JUANA en una fortaleza.