Bonifacio IX quiso que se celebrara también el Jubileo del año 1400 para respetar la periodicidad de cincuenta años establecida en el año 1350. La Iglesia estaba aún dividida ese año, entre Roma y Aviñón, donde reinaba un antipapa. Los cristianos franceses, españoles y una parte de los italianos no tomaron parte en la peregrinación jubilar porque sus reyes, adhiriéndose a la parte cismática de la Iglesia, no permitieron a sus súbditos que participaran en el Jubileo. Bonifacio IX extendió la visita para obtener las indulgencias, a las basílicas de San Lorenzo extramuros, Sta. María en Trastévere y Sta. María Rotonda, que así se añadieron a las cuatro basílicas mayores ya escogidas en los años precedentes. En el Jubileo del año 1400 se dio inicio a un nuevo tipo de peregrinación penitencial que, partiendo de diversas regiones de Italia septentrional, se dirigían a Roma bajo el lema «paz y misericordia». Hacen su aparición en Roma los «Bianchi» o «Albati», grupos de penitentes flagelantes que procesionaban encapuchados, con hábitos blancos y con una cruz roja dibujada en la espalda; fueron la causa de tal número de disturbios y sucesos sangrientos que BONIFACIO condena a la hoguera a su líder y disuelve a sus adeptos.

Por estos años, se establece la Inquisición Pontificia o medieval en Alemania y Polonia, en Dalmacia, Bosnia, Rusia, Croacia e Istria; en Armenia, Georgia, Grecia, Tartaria y Valaquia. De hecho este tribunal pertenece ya a la disciplina general de la Iglesia.

El edicto del rey ENRIQUE IV «De heretico comburendo» en 1401 prohibe las Biblias traducidas por Wycliff y ordena perseguir bajo pena de muerte en la hoguera a los lolardos por oponerse a los juramentos y al bautismo de niños y subvertir el orden de la iglesia. El primer ejecutado será John Badby, en 1410. El movimiento será declarado oficialmente herejía en el concilio de Constanza en el año 1415.

Se inicia la construcción de la catedral de Sevilla (que terminará en 1606)

En 1403, sin embargo, la Universidad de París notifica a BENEDICTO XIII la «restitución de la obediencia», pidiendo al pontífice la convocatoria de un concilio general en el plazo de un año.

En Holanda había sido fundada recientemente una nueva Orden monástica, «Los hermanos de la vida común». De aquel ambiente, que luchaba por una vida cristiana renovada, brotará el libro cristiano más importante después del Evangelio, «La imitación de Cristo», cuyo autor fue probablemente Tomás de Kempis, miembro de la comunidad mística de Windesheim, sede de la nueva orden.

En los inicios de su reinado, ENRIQUE III -rey de la corona de Castilla- ha intentado hallar una solución al Cisma de Occidente y, juntamente con Francia, ha propugnado una reunión de los dos papas -BONIFACIO IX y BENEDICTO XIII- para alcanzar un acuerdo. Al fallar tal propuesta, durante varios años la iglesia castellana ha permanecido acéfala. ENRIQUE III de Castilla, instado por MARTÍN I de Aragón, adopta una postura en el dilema de los papas y, en abril de 1403, se decide que Castilla vuelva a la obediencia de BENEDICTO XIII.

Cosimo de Migliorati es entronizado papa con el nombre de INOCENCIO VII (17.4.1404-6.11.1406) Brillará más bien por sus dotes científicas y humanistas que por las sacerdotales. Consagrará sus cuidados a la Universidad de Roma, recientemente creada, donde llamará a enseñar a Poggio Bracciolini y a Leonardo Bruni, humanistas famosos. En 1389 fue ordenado cardenal por Bonifacio IX y actuó como legado suyo en Lombardía y la Toscana. A la muerte de Bonifacio IX, Cosimo, como los restantes cardenales presentes en el cónclave que habría de elegir sucesor, juraron renunciar a la tiara en caso de ser elegidos si con ello era posible acabar con el cisma que desde 1378 dividía a la Iglesia Católica. Elegido por unanimidad.

La situación en la ciudad impide a INOCENCIO VII celebrar el concilio en el que debería haber cumplido su promesa de renunciar a la tiara. En efecto, el partido gibelino inicia una revuelta cuando conoce el resultado de la elección, obligando al pontífice a reclamar ayuda al rey de Nápoles, Ladislao quien sofoca la rebelión obteniendo de INOCENCIO VII el compromiso de que en las negociaciones para acabar con el cisma, quedarán reconocidos sus derechos al reino napolitano que le disputa Luis de Anjou.

El papa Bonifacio IX muere en 1404, después de una breve enfermedad. (Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Cubus de mixtione (Cubo de mezcla), cita que hace referencia a que en el escudo de armas de su familia figuran unos cubos entrelazados).