El 7 de abril de 1498, se procede en Barcelona, en la habitual plaza del Rei, a la quema de todas las biblias y todos los libros de ella derivados que no estén escritos en latín. Una cifra que refleja el ambiente que la Inquisición ha creado en Barcelona es que de una población de unas 30.000 almas, no tardan en abandonarla unos tres mil ciudadanos, lo que agrava la crisis económica que ya padece Barcelona.

Y el pueblo, privado del espectáculo y desengañado de tantas falsas profecías y promesas, se prepara para la venganza. Al día siguiente, Domingo de Ramos -curiosa coincidencia- comienza la verdadera pasión de SAVONAROLA. Los «arrabiatti» florentinos, más poderosos que nunca, asaltan el convento de San Marcos y al grito de: «¡Al frate, al frate!» le hace prisionero. SAVONAROLA es entregado a los representantes de la autoridad quienes le conducen a la torre del Palacio Viejo. Allí es torturado hasta que firma el acta acusatoria. Su principal acusador en los juicios es un juez catalán, el eclesiástico y jurista Francesc de Remolins, enviado expresamente a Florencia como comisario pontificio.

Anulado su matrimonio con Giovanni SFORZA, Lucrecia BORGIA se casa, en la fecha, con ALFONSO de Aragón, príncipe de Bisceglia «el muchacho más bello de Italia», bastardo de ALFONSO II de Nápoles. De esta manera se refuerzan las alianzas del papa con Nápoles, el reino suditaliano que FERNANDO el Católico quiere para sí. Los jóvenes esposos se profesan un verdadero afecto y viven felices en Santa María en Pórtico, donde en 11/1499 nacerá Rodrigo.

FERNANDO e ISABEL, tras la muerte del Gran Inquisidor, Tomás de Torquemada, podrían haber renunciado al proyecto de dar sucesor al inquisidor y abolir la inquisición, pero se apresuran a proponer al papa al dominico Diego DEZA como continuador (1498-1507). Apenas comienza sus funciones cuando despliega tanta o más severidad que Tomás de Torquemada, redactando unas ordenanzas que de más actividad al tribunal, añadiendo también varios artículos referentes a la confiscación que es el objeto de constante atención para el rey y el Santo Oficio.

ALEJANDRO VI casa a su hijo CÉSAR BORGIA con Carlota Albret, princesa de Navarra, recibiendo el desposado -que ha renunciado al cardenalato- el título de duque de Valence, comunmente llamado \»duque Valentino\».

En los albores del siglo XVI, cuando las naciones europeas conseguían unificarse y sus monarcas asumían el poder absoluto de las mismas, no era la iglesia de Roma la única que advertía que la descomposición multiseñorial italiana y las pugnas entre sus heterogéneos y mal avenidos estados eran caldo de cultivo para las intervenciones de franceses, alemanes y españoles, ni tampoco era la única que temía, de otra parte, que la implantación de un estado único nacional le privara de los derechos gubernamentales sobre su propio territorio, lo que, en el caso de la iglesia, supondría la pérdida de su jurisdicción temporal. A cada príncipe italiano, y al papa como otro más de los jefes de estado, sólo le hubiera satisfecho ser él el líder unificador de toda la península en torno a sus dominios; pero la iglesia, por su talante ecuménico y su tradición teocrática universal, estaba en mejores condiciones que sus posibles competidores para llevar a cabo aquel cometido. Con este ánimo de potenciales monarcas absolutos de una Italia unida y centralista ejercieron los papas renacentistas su jefatura de estado.

El siguiente periodo expansivo de la Confederación Helvética coincide con las guerras de Italia, 1499-1515, durante las cuales serán conquistados importantes territorios al sur de los Alpes. Suiza se alía primero con Francia y después con el Papado y adquiere los cantones de Basilea, Schaffhouse y Appenzell. La Confederación Helvética estará formada por trece cantones durante muchos años.

La singularidad de ALEJANDRO VI (el papa BORGIA) estriba en que concibe la organización papal como una monarquía personalista y ansía la formación de un reino centroitaliano desvinculado de la Santa Sede, cuya corona descansase sobre la cabeza de alguno sus hijos. A tal efecto, decide subyugar a los tiranos locales, vasallos nominales de Roma pero que gobiernan a su antojo sus respectivos feudos. Con su hijo Juan, duque de Gandía, a la cabeza de los ejércitos pontificios irán cayendo los castillos de Cervetri, Anguillara, Isola y Trevignano, acciones p las que le nombrará duque de Benevento y señor de Terracina y Pontecorvo. Al morir su hijo JUAN, el papa ha encomendado la capitanía de sus ejércitos a otro de sus hijos: César BORGIA. Éste, con la ayuda militar francesa, toma en 1499 las ciudades de Imola y Forlí gobernadas por Catalina Sforza, y luego la de Cesena. Más tarde se apoderará de otra serie de ciudades de las que pasará a ser su dueño ya que el Papa le ha nombrado soberano de la Romaña, Las Marcas y Umbría.

LUIS XII de Francia se ha enamorado de ANA de Bretaña, viuda de Carlos VIII. Para poder divorciarse, pues está casado con Juana de Valois, necesita el permiso del Papa, ALEJANDRO VI. Éste está dispuesto a negociar dicho permiso a cambio de territorios, pues desea crear un principado para su bastardo predilecto: CÉSAR BORGIA.

El Papa Alejandro VI emite la Bula fundacional de la Universidad Complutense, en Alcalá de Henares, con las facultades de Teología, Artes y Derecho Canónico, para no entrar en competencia con Salamanca. Será uno de los más destacados centros de saber en la España de los Reyes Católicos.