A pesar de la solicitud del papa, ACACIO, patriarca de Constantinopla, no sólo no renuncia a su doctrina ni anula el nombramiento, sino que logra atraer a los propios legados pontificios a sus postulados doctrinales. FÉLIX III (II) convoca en respuesta un concilio que, en la fecha, excomulga al patriarca ACACIO, autor de «Henotikon», quien a su vez responde borrando el nombre del papa de los dípticos litúrgicos lo que equivale a la excomunión del pontífice. Se inicia así el «Cisma acaciano» (484-519) que dividirá la Iglesia durante los siguientes 35 años. Esta excomunión, dará pie a la segregación de la Iglesia de Constantinopla. El polémico documento no ha sido aceptado por los monofisitas de Egipto y Siria, porque en él se condena a EUTIQUES, pero sí por los armenios. Las defecciones producidas en esos tiempos se ha estimado que constituyen la cuarta parte del total de cristianos en el mundo.

Cuando el 1 de agosto, el emperador ZENÓN se pone del lado de su patriarca en el tema del «Henotikon», se consuma el cisma con Roma. ACACIO, en colaboración con ZENÓN, comienza a perseguir a los monjes con el fin de lograr la aceptación del «Henotikon» en todo el Oriente. De esta manera, se convierte prácticamente en el Primado de la cristiandad oriental hasta su muerte en 489.

A finales del siglo V, el emperador ZENÓN cierra la escuela teológica de Edesa (Urfa, entre el Éufrates y el Tigris), considerada como nestoriana y se instala en territorio persa. El nestorianismo, pues, se convierte en la religión oficial de los cristianos del Imperio persa en el sínodo de Ctesifonte (486). Al mismo tiempo, los cristianos persas piensan zafarse de la acusación de espías al servicio del emperador de Constantinopla. Separados de Occidente, los nestorianos persas son grandes misioneros, llegando hasta Asia central y China. Por lo que respecta a los armenios, adoptan el monofisismo por oposición a los persas nestorianos y a los griegos de Constantinopla. Los etíopes, que dependen de Alejandría, optan por el monofisismo. Los emperadores conservan la esperanza de rehacer la unidad dogmática y política mediante fórmulas de compromiso. En vano. Eso será ocasión de nuevas disputas y nuevos actos de violencia.

Sínodo de Mâcon. Un prelado sostiene que no se debe «incluir a las mujeres bajo el nombre de hombres», utilizando la palabra «homo» (ser humano) con el sentido restrictivo del latín «vir» (individuo del sexo masculino). Apoyándose en las Escrituras, los argumentos de los obispos presentes en el sínodo hacen retractarse al autor de esta interpretación errónea lo que hace cesar la discusión. Como controversia que hubiese de durar siglos no hay más, aunque desde el siglo XVII se repetirá una y mil veces que «los doctores de la Iglesia han discutido durante siglos para saber si las mujeres tienen alma». Si la Iglesia hubiese dudado de la plena naturaleza humana de la mujer (un cuerpo y un alma, según la teología), ¿cómo hubiera podido venerar a la madre de Cristo, declarar santas a tantas mártires del amanacer cristiano (Inés, Cecilia, Ágata, Blandine, Genoveva…) y dispensar el bautismo y la comunión a criaturas sin alma?. Desde Eloísa a Hildegarde de Bingen, son incontables las elevadas figuras femeninas de la cristiandad medieval. ¿Y las reinas? Coronadas como el rey, ejercen el poder durante su ausencia. Algunas de esta mujeres dominarán en su época, como Leonor de Aquitania o Blanca de Castilla.

A pesar de su enfrentamiento con Constantinopla, el papa FÉLIX III (II) llega a un acuerdo con el emperador ZENÓN para lograr que los vándalos arrianos pongan fin a las persecuciones contra los cristianos fieles a Roma en el norte de África. Surge entonces el problema de que tratamiento dar a los que se han convertido al arrianismo debido a dichas persecuciones y ahora desean volver a la ortodoxia. Félix convoca un sínodo en 487 en el que se fijan las condiciones en que se permite el retorno de estos cristianos a la Iglesia romana.

Sube al trono del Imperio romano de Oriente ANASTASIO I el Silenciario (491-518) por su matrimonio con Ariadna, hija de León I, que ha quedado viuda de ZENÓN. ANASTASIO comienza manteniendo la política del Henotikon, pero poco a poco adopta el monofisismo. Aunque está frecuentemente en guerra con la Persia sasánida, el Imperio Oriental sigue prosperando tras la caída del de Occidente. El emperador ANASTASIO podrá incluso bajar los impuestos gracias también a una serie de reformas administrativas y financieras. Fortificará Constantinopla.

Fallece el papa FÉLIX III.

GELASIO I -papa- (1.3.492-21.11.496). Nacido en Roma, de origen africano, luchará contra las habituales intromisiones del poder político en el gobierno de la Iglesia. Al acceder a la sede romana se encuentra con que los bárbaros, de confesión arriana, controlan Occidente. A esto se une el cisma con Oriente producido por la imposición allí del «Henotikon» y que se agrava a causa de la excomunión -pronunciada ya por Félix III- del patriarca ACACIO de Constantinopla. GELASIO consigue establecer buenas relaciones con el rey ostrogodo TEODORICO pese al arrianismo de éste, pero es intransigente en relación con la excomunión de ACACIO. Combatirá las herejías, seleccionará los escritos canónicos en relación con los apócrifos. Finalmente se verá obligado a dar algunos pasos a favor de la reconciliación con Oriente debido a las presiones imperiales ejercidas sobre él.

El punto oscuro del emperador ANASTASIO I del Imperio Romano de Oriente, estará en la cuestión religiosa ya que su monofisismo choca con las creencias de la mayor parte de la población del Imperio, a excepción de Siria y Egipto. Las relaciones con Roma estarán enrarecidas pero existirá una importante comunicación epistolar entre el papa y el emperador. En relación a la intromisión de los emperadores en la vida de la Iglesia, se recordará la epístola que GELASIO I envia al emperador ANASTASIO I, en la que dice: «Hay dos poderes principales para regir el mundo: el de los pontífices y el imperial. De los dos, el primero es el más importante por cuanto tiene que rendir cuentas al Señor de los mismos emperadores», y también, «Por otra parte… en los asuntos temporales también los superiores eclesiásticos deben obedecer a las leyes imperiales».

GUNDEBALDO, rey de los burgundios, firma, en la fecha, un pacto de no agresión con el jefe de los francos CLODOVEO I, que se casa con su hija CLOTILDE. Se especulará con la idea de que el matrimonio de CLODOVEO con CLOTILDE, que es católica, es ideado y arreglado por los obispos con el propósito de convertir a la fe al real esposo. Aunque la decisión no está exenta de consideraciones políticas, parece ser que a CLODOVEO le ha emocionado lo mucho que ha oído de la vida de Cristo. Se dice que cuando se le ha relatado la historia de la crucifixión, el rey ha exclamado: «¡Ah, si yo hubiera estado allí con mis francos!».