FELIPE II, magnificando acaso la idea de que PAULO IV representaba a Dios sobre la tierra como lo habían hecho los sucesivos herederos de la Santa Sede, exige únicamente que Roma mantenga en adelante su neutralidad entre España y Francia. Todas las plazas tomadas al estado de la Iglesia son devueltas y el duque de Alba acude a Roma para pedir perdón en nombre de FELIPE II por haber invadido posesiones sagradas. PAULO IV, derrotado y vencido se convierte en vencedor por ese respeto que el rey español guarda a los enviados de Dios.

ENRIQUE II de Francia prepara su desquite y manda llamar urgentemente a las fuerzas que tiene destacadas en Italia, abandonando al papa PABLO IV a su suerte. Recluta un nuevo ejército en la Picardía, que pone en manos de Nevers; pide ayuda naval al sultán otomano y alienta a los escoceses a invadir Inglaterra por el norte. El duque de Guisa -Francisco de Lorena- arrebata el puerto de Calais a los ingleses (es cuanto queda de las conquista inglesas en Francia), y el señor de Termes con un ejército de 12.000 infantes, 2.000 caballos y un inmenso tren de artillería, tras atravesar el río Aa, llega a Dunkerque y amenaza Bruselas.

Diego Laínez sucede a Ignacio de Loyola como General de la Compañía de Jesús.

ISABEL I -la reina Virgen-, hermanastra de la fallecida María I Tudor, recibe -en la fecha- a sus veinticinco años, la corona de Inglaterra (1558-1603) con la condición de mantener el catolicismo. Pero ISABEL I, hija de ENRIQUE VIII y ANA BOLENA, una vez en poder de la corona, se convierte en decidida partidaria del protestantismo. Restaura el anglicanismo, en oposición, al mismo tiempo, al catolicismo y al calvinismo. Los católicos escoceses y franceses la ven como una usurpadora (el matrimonio de sus padres se produjo tras un divorcio de Enrique VIII desaprobado por el papa) y favorecen a su prima María ESTUARDO como legítima aspirante a la Corona. FELIPE II que sigue la política antifrancesa de sus bisabuelos los Reyes Católicos, le interesa conservar la alianza inglesa por lo que seriamente propone matrimonio a ISABEL I que no acepta.

PABLO IV es el promotor de la publicación, en 1559, del primer Index Librorum Prohibitorum (Índice de Libros Prohibidos). También dictó medidas infames contra los judíos, creando el gueto de Roma y obligándoles a llevar por la calle un gorro amarillo (las damas un velo del mismo color) para ser reconocidos al instante. Hasta dudó de la ortodoxia de los ejercicios espirituales que preconizaba Ignacio de Loyola.

PABLO IV muestra a lo largo de sus cuatro años de reinado un desenfrenado nepotismo en favor de su indeseable secretario de Estado, el cardenal Carlo CARAFFA y sus hermanos. A ellos confia la política y la administración de sus dominios hasta el mes de enero de 1559, siete meses antes de morir, en que, horrorizado ante su demostrada depravación, los expulsa de Roma.

Los monarcas de España y Francia adoptan, ante el avance del protestantismo, el compromiso de defender el catolicismo. En la práctica, ello supone que España apoyará militarmente al rey de Francia en caso de que éste lo precise para reprimir a los hugonotes. Sin duda, el miedo a la división interna del reino ha forzado, en buena medida, el acuerdo, pues casi toda la nobleza católica francesa percibe la disidencia religiosa como un peligro mucho mayor que el enfrentamiento con España.

Se publica, para todo el territorio español, el primer «Indice» de libros prohibidos por la Inquisición, independiente del publicado por el Santo Oficio romano en 1551. El Indice es encargado por el inquisidor general VALDÉS, e incluye obras latinas, alemanas, españolas, francesas y portuguesas con sospecha o prueba de protestantismo. Se prohíben en definitiva, y por medio de la censura, cerca de setecientas obras consideradas heréticas, así como varias ediciones de la Biblia y se condena de forma expresa, a determinados autores. De todas maneras, parece que este tipo de prohibición en Europa fue mucho más duro.

El aparato de control inquisitorial, reformado y mejorado por VALDÉS, a instancias del rey, funciona con gran eficacia, provocando en las universidades españolas un ambiente de incertidumbre, dado que algunas de las obras censuradas gozan de gran difusión en los círculos académicos españoles. Sucede lo inevitable, y es que la Universidad cae también, a través de la censura, en el campo de actuación de la Inquisición, que controla todas las obras en uso en las aulas y a través de ellas la propia corriente humanista que ha prendido en los ámbitos universitarios. Incluso se prohíbe a los españoles realizar estudios en el extranjero.

Fallece PABLO IV. En su lecho de muerte, el irascible anciano, papa PABLO IV, se arrepiente de sus errores políticos y de táctica, que incluyen una actitud violenta y profundamente hostil con la Inglaterra de la reina ISABEL I. FELIPE II, que ha estado casado con su predecesora, MARÍA TUDOR, y conoce bien a los ingleses, ha tratado, sin éxito, de suavizar esa postura. Todos los papas del siglo XVI, a partir de LEÓN X, han sido perseguidores de los herejes, siendo éstos recibidos en Roma a título de gracioso homenaje que le enviaban las demás ciudades de Italia, y estos mártires llegaban a la ciudad eterna cargados de cadenas. Los mismos ciudadanos de Roma que habían celebrado su nombramiento erigiendo en su honor una estatua en un lugar descollado de la ciudad, tras su borrascoso mandato la derriban, mutilan y arrojan al Tíber, no sin antes colocarle en la cabeza el infamante gorro amarillo de los judíos. Y, no conformes con este acto de simbólico repudio, incendian el palacio de la Inquisición, saquean el convento de los dominicos y ponen en libertad a sesenta y dos reos inquisitoriales. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como De fide Petri (De la fe de Pedro), cita que hace referencia a su nombre y a su apellido, Carafa, que significa fe.