Cumplido el plazo de la rendición, el senescal del rey ocupa la fortaleza. Una larga fila de gente empieza a bajar del castillo, unos salen libres aunque deberán pasar por el tribunal inquisitorial, otros, doscientos siete perfectos, de uno y otro sexo que se niegan a abandonar su religión, se lanzan sin la más mínima muestra de miedo, sobre un montón de troncos que se extiende al pie de la montaña y que han empezado a arder violentamente. El lugar donde se levanta la gran pira se conocerá desde entonces como «Prado de los Quemados». Hoy de Montségur no quedan ni las ruínas, porque así como el castillo cátaro, acabado en 1204, estaba construido sobre un primer castillo que ya había existido en el mismo lugar, el castillo -el tercer Motsegur- fue construido sobre las ruinas del cátaro que pasó a manos de la nobleza francesa.

La caída de Montségur no significa la cancelación de la herejía cátara. Aún quedan comunidades esparcidas por todo el país e incluso castillos (Queribús se rinde en 1255) y cuevas fortificadas donde se proseguirá la lucha. La persecución inquisitorial contra los herejes hará que los cátaros sigan emigrando principalmente hacia Lombardía y España.

En el Concilio de Narbona que se celebra este año, se declara que toda persona investida de un cargo público que se muestre negligente en perseguir la herejía, será considerada cómplice de los herejes y sujeta por ende a las mismas penas en que incurran éstos; esta disposición alcanza a los que dejen pasar la ocasión de apoderarse de la persona de un hereje. En una palabra, desde el emperador hasta el más modesto de los ciudadanos, todos están obligados a perseguir a los herejes, so pena de incurrir en todas las sanciones espirituales y temporales de que dispone la Iglesia. Dichos principios forman parte tácita o expresamente, de todo el derecho europeo. Teniendo en cuenta este estado de cosas, fácilmente se comprende que si alguna vez los inquisidores imploran la clemencia de las autoridades civiles para que libren a los sentenciados a la hoguera, no es sino una pura fórmula, nacida del deseo de no aparecer los eclesiásticos como causantes de las sentencias capitales.

Cuando en 1245, a raíz de la muerte de Ramón Berenguer V de Provenza, el francés LUIS IX reclama la herencia por su matrimonio con MARGARITA, hija del difunto conde, JAIME I no puede obviar el hecho de que el condado pertenece a la rama segunda de la Casa de Barcelona e interviene a favor de la heredera, Beatriz, hija tercera de Ramón Berenguer y designada por éste su sucesora. Pero cuando los franceses invaden el condado, JAIME I se retira. Y es que las querellas entre los señores del sudeste de Francia, en las que interviene cada vez más activamente el rey francés, inclinan a JAIME I a una actitud de prudencia, rehusando en todo momento emprender acciones que puedan comprometer su difícil situación en Aragón y Catalunya. Sabe que las mismas difícilmente encontrarían apoyo ni en los nobles aragoneses ni en los catalanes.

El papa INOCENCIO IV convoca el 3 de enero de 1245, nada más llegar a la Lyon, el I Concilio ecuménico de Lyon pese a la oposición del emperador. Sitiéndose fuerte, INOCENCIO IV procederá a realizar nuevas acusaciones contra el emperador durante la celebración del concilio.

I Concilio Ecuménico de Lyón (XIII Concilio Ecuménico) convocado por INOCENCIO IV. Asisten 140 obispos y varios embajadores de reyes. Se impone un tributo para la cruzada. Entre los temas doctrinales, destaca la definición de «Purgatorio» como un lugar y un tiempo, recogiendo las ideas de (1Cor 3;13-15) y de (2Mac  12;43-46). También se trata la reforma del clero y se regula el proceso de los juicios eclesiásticos.

El tema principal del Concilio Ecuménico de Lyón (13º Concilio Ecuménico) son los delitos de FEDERICO II que está defendido en esta ocasión por su canciller Tadeo de Suessa. Se le acusa de herejía, sacrilegio, alianza con el sultán, lujuria y perjurio. FEDERICO II es declarado usurpador de bienes y opresor de la Iglesia. En la fecha, es excomulgado y depuesto prohibiendo que ningún rey lo reconozca como emperador. Tadeo de Suessa apela a una papa futuro y a un Concilio «verdaderamente ecuménico». INOCENCIO IV, dicta la bula Agni sponsa nobilis para declarar el poder supremo de la Iglesia frente a los gobernantes. FEDERICO organiza tropas para enfretarse al papado. INOCENCIO, por su parte, pretende organizar una cruzada contra el propio emperador movilizando a los príncipes alemanes.

En septiembre de 1244 la ciudad de Jerusalén ha sido arrebatada a los cristianos por el sultán de Egipto. El papa INOCENCIO IV anima a los gobernantes occidentales durante el concilio de Lyon a participar en una nueva Cruzada para la liberación de Tierra Santa, pero la llamada del pontífice sólo es escuchada por el rey de Francia. La entrevista con el papa tiene lugar en Cluny durante el mes de noviembre de 1245, organizando los preparativos para poner en marcha la guerra. Como hombre devoto, LUIS IX de Francia desea coronar su carrera con una Cruzada, por ello, no ha dudado ante la ocasión que se le ha presentado. Con esta ocasión, obtiene el territorio actual de Aigues Mortes de los monjes de la abadía de Psalmody para hacer una base militar y un puerto de embarque. Tanto esta nueva cruzada -la séptima- como la última, que tendrá lugar en 1270, tienen un carácter muy diverso del de las primeras: no nacen ya de un movimiento espírítual, de un sentimiento religioso de todos los pueblos cristianos de Europa; son más bien la expresión de un generoso entusiasmo de un rey, o, a lo más, de un pueblo.

BEATRIZ de Provenza, nieta de ALFONSO II de Provenza se casa con CARLOS de Anjou, hermano de LUIS IX de Francia, lo que hace que el condado de Provenza, que había ido perdiendo la influencia catalana a lo largo del siglo XIII, se pierda para Catalunya pasando al control de la casa de Anjou de Francia.

LUIS IX de Francia asume la dirección de la Séptima Cruzada. LUIS IX, que ha confiado a su madre BLANCA de Castilla el gobierno de su reino, parte de Aigues-Mortes, en 1248, rumbo a Chipre, desde donde piensa atacar a Egipto, centro del Estado musulmán de los descendientes de SALADINO que controlan los Santos Lugares de Palestina. LUIS IX va acompañado de sus tres hermanos y lo más granado de la nobleza francesa -el conde de Flandes o el duque de Bretaña, entre ellos-, constituyendo su ejército unos 40.000 hombres y 2.800 caballos. El 17 de septiembre llegan los cruzados a Chipre donde pasarán el invierno, siendo asolado el ejército por una epidemia de peste.