GASTÓN de Foix, casado con LEONOR de Navarra, hija de JUAN II de Navarra y Aragón, ve ahora más factible su acceso al trono de Navarra, por ello casa a su hijo con Magdalena de Francia y propicia la ayuda de LUIS XI, rey de Francia, a su suegro, JUAN II. Firman, en la fecha, el “Tratado de Bayona”. En él, LUIS XI se compromete a enviar tropas contra los catalanes. En compensación recibirá el Roselló y la Cerdanya y los castillos de Perpinyà y Cotlliure. Este acuerdo, que podría ser considerado delito de alta traición, confirma a los componentes del Consejo del Principado y dirigentes de la Generalitat de que no hay marcha atrás.

En la fecha, la Diputació de Catalunya, con el voto unánime de todos los estamentos, declara a JUAN II de Catalunya y Aragón, enemigo del Principado, desposeyendo de la corona a JUAN II y a su esposa.

En un intento de romper la alianza entre el rey y los payeses, la Generalitat elabora un proyecto de concordia en el cual se libera a los remensas de los malos usos a cambio de que éstos paguen una compensación económica al señor. Un documento que se inspira en la propuesta sugerida cincuenta años antes por la reina Maria, esposa de Martín el Humano. La concordia tiene una respuesta desigual. En el bando remensa, el proyecto es muy aceptado en la comarca de Osona. En cambio, los payeses de la zona del obispado de Girona lo rechazan frontalmente. Simultáneamente, muchos señores consideran que la concordia significa una apropiación de sus derechos y un premio a los crímenes perpetrados por una banda de campesinos revolucionarios. Las posiciones están demasiado radicalizadas para poder llegar a un acuerdo. Francesc VERNTALLAT, uno de los líderes de la revuelta de los payeses iniciada en la Garrotxa, secunda las pretensiones del monarca de recuperar el poder político en Catalunya enfrente de las instituciones catalanas.

Unidas las tropas de JUAN II con las de su yerno, el conde GASTÓN de Foix, ponen, en la fecha sitio a Barcelona.

La resistencia de Barcelona es tal que, en la fecha, el ejército real tiene que abandonar la empresa cuando sabe que llega por mar el conde de Pallars con todo su ejército. Los realistas se retiran y se dirigen hacia Vilafranca del Penedés, que toman por asalto degollando a cuatrocientos vecinos que habían buscado refugio en la iglesia.

La Diputació de Catalunya, junto con los beamonteses navarros, deciden ofrecer a ENRIQUE IV de Castilla, el reconocerle como a su rey, cosa que éste acepta, en la fecha. ENRIQUE IV es proclamado rey de Catalunya y de Navarra en la persona de su lugarteniente, JUAN de Beaumont. Se trata de un episodio más  de la no aceptación de Juan II por sus súbditos catalanes, que desembocará en la guerra civil.

Un hecho que no ha tenido ningún precedente y no ha vuelto a producirse nunca más tiene lugar en Catalunya durante la Guerra Civil de 1462-1472: Catalunya tiene dos Diputaciones. Pocos meses después de comenzar la guerra, en enero de 1463, el diputado militar Bernat SAPORTELLA huye de Barcelona y se establece en Tarragona. Consigue que JUAN II lo reconozca como diputado único de Catalunya y le otorgue todos los poderes que tienen los tres diputados reunidos. SAPORTELLA ejerce el cargo de diputado único hasta 1470. (No es necesario decir que la Diputación prosigue su actividad).

La inesperada muerte del condestable PEDRO de Portugal, conde de Barcelona, podría haber acelerado el fin del conflicto, pero la Generalitat de Catalunya ofrece los títulos de la Corona de Aragón a RENATO I de Nápoles o de Provenza o de Anjou el Bueno (1466-1472) que cuenta con el apoyo de LUIS XI de Francia, quien sueña con anexionarse Catalunya y por ello, retiene la posesión del Rosellón y la Cerdanya. En la fecha, acepta la corona. Continúa la guerra en Catalunya contra JUAN II de Catalunya-Aragón. RENATO d’Anjou no se traslada a Catalunya. Envía tropas francesas y napolitanas dirigidas por su hijo, JUAN de Lorena y su nieto, JUAN de Calabria, que se instalan en Perpinyà para activar la campaña en nombre del nuevo rey. La crisis económica alcanza una magnitud como nunca hasta ahora se había sufrido.

En la fecha, la Diputació de Catalunya realiza las capitulaciones de guerra -la Pau de Pedralbes-, terminando así la rebelión de Catalunya, pero también la vigencia de la Concordia de Vilafranca (1461). Aunque no todo el Principado se ha rendido a las fuerzas reales, la capitulación da un mes de tiempo a todos sus habitantes para adherirse y quince días a todos los castillos y fuerzas que todavía se mantienen fieles a RENATO d’Anjou. La capitulación devuelve al país la condición jurídica vigente a la muerte de CARLOS de Viana (1461). Esta guerra ha destrozado terriblemente a Catalunya, y el eje de la Corona de Aragón pasa definitivamente a la línea Zaragoza-Valencia. La paz, de hecho, pone fin al conflicto bélico en Catalunya, pero a pesar de que el rey JUAN II ha ganado la guerra, deja sin resolver la cuestión de los remensas, la reforma política de las instituciones del Principado y la recuperación de la crisis económica. Nadie sale ganando nada. Por ello, a lo largo de los próximos años, existirá una política de recelo entre el rey y los payeses.

Después de la Guerra civil catalana, se invalidan los acuerdos desfavorables al rey de la Concordia de Vilafranca y al mismo tiempo el rey acepta que no hay ni vencedores ni vencidos, la liberación de presos y la anulación de sentencias condenatorias y de confiscación de bienes.