NICOLÁS II reúne en Letrán en la Semana Santa de 1059, un sínodo que decidirá definitivamente la forma de elección papal. La consiguiente encíclica “Vigilantiae Universali” establece que ningún clérigo debe aceptar la investidura de manos de un seglar; dictamina la excomunión de los sacerdotes casados que no repudien a sus esposas y prohibe a los laicos participar en misas celebradas por ellos. De su encarnizada lucha contra el matrimonio de los clérigos, deriva el término nicolaísmo. En este mismo concilio se prohibe a los sacerdotes obtener cargos eclesiásticos a cambio de dinero (simonía). En cuanto a la elección papal, queda definitivamente anulado el principio de la “communio”, según el cual todos los miembros de la Iglesia tienen derecho a participar en la elección del pontífice, lo que ha permitido los excesos de la nobleza romana. Se establece que en el futuro sólo los cardenales tendrán derecho al voto. Esto deja al margen al emperador a quien sólo se reserva el derecho de ser informado de la elección después de haberse efectuado ésta. Salvo circunstancias excepcionales, la elección debe realizarse en Roma.

Dado que buena parte de los ingresos reales han caído en manos de la nobleza, el emperador de Alemania, ENRIQUE IV, trata de utilizar la Iglesia para obtener numerario, y así, gracias a la venta de dignidades eclesiásticas, logra los recursos que precisa. Pero la Iglesia se manifiesta en contra de esta práctica a pesar de la tradición imperial, y no consiente en la “Investidura laica”. Por ello, intenta desembarazarse de la tutela imperial para defender la independencia espiritual de la Iglesia. En efecto, no desea laicos para cubrir los altos cargos; estos deben provenir exclusivamente de la propia jerarquía y, en última instancia, debe nombrarlos el Papa. El emperador, que duda de la fidelidad de los príncipes, se apoya mucho en sus obispos. Si no puede escogerlos, pierde el pilar más sólido de su poder. Por otra parte, hay que tener en cuenta que los obispos son, al mismo tiempo, príncipes y funcionarios del Imperio, por lo que no es del todo lógico que el emperador no pueda intervenir, de alguna manera, en la designación de quienes, en buena lógica son, o deben ser, sus hombres de confianza.

Ya desde los inicios del Imperio alemán, a finales del siglo X, existe una casi constante pugna entre el Imperio y la Santa Sede pues la mayoría de los Emperadores se consideran jefes, no sólo de la sociedad civil, sino también de la religiosa, con derecho a intervenir en el gobierno de la Iglesia, nombramientos de la Jerarquía, etc. Esto origina una serie de enfrentamientos y perturbaciones, tales como la simonía, la lucha de las investiduras, las frecuentes excomuniones de Emperadores y las no menos frecuentes destituciones de papas y nombramientos de antipapas. La idea del actual Papa –GREGORIO VII- es que su persona personifica la autoridad suprema de la Cristiandad, que no puede errar, y que todos los príncipes seculares, incluido el emperador, le deben fidelidad. Y considera, por lo mismo, que el pontífice puede deponer a reyes y emperadores según su criterio. Ningún emperador puede mostrarse acorde con tales pretensiones, y de ahí la lucha entre Enrique IV y Gregorio VII, que durará hasta la muerte del segundo en 1085, aunque se reanudará con sus sucesores.

INOCENCIO II decide convocar el II Concilio Ecuménico de Letrán (X Concilio Ecuménico) que reune cerca de un millar de obispos. Casi toda la cristiandad reconoce por auténtico Pontífice Romano a INOCENCIO II, y es lamentable que en aquel momento de esplendor, cuando no hay ya quien dispute el solio papal, se pronuncien tan severas penas contra los obispos y clérigos que han servido al antipapa ANACLETO II. También se excomulga a ROGELIO II de Sicilia como “autor del cisma”. Pero este concilio realiza una importante labor legislativa; condena de nuevo la simonía y el nicolaísmo (faltas contra el celibato); prohibe a los clérigos el lujo en el vestir, así como la práctica de la medicina. Y también habla sobre la usura, los duelos y los matrimonios entre parientes.

Fallece de una apoplejía el papa NICOLÁS III. Dante en su obra La Divina Comedia sitúa a NICOLAS III en el infierno junto a los simoniacos. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Rosa composita (La rosa compuesta), cita que hace referencia a que en su escudo de armas aparece una rosa y al hecho de que fue apodado “el compuesto”.

Al descender de familia noble francesa, CLEMENTE VI tras ser elegido papa sigue viviendo entre lujo y magnificencia. El pontificado de CLEMENTE VI estará caracterizado por un acentuado nepotismo, ya que la mayoría de los cardenales que nombrara serán parientes suyos (uno de ellos será el futuro papa Gregorio XI), y por la simonía derivada de la necesidad de financiar su afición por el lujo, las artes y las letras (fue mecenas del famoso poeta italiano Francisco Petrarca).

En el Concilio de Constanza, el juicio contra JUAN XXIII se celebra y resulta el pontífice acusado de simonía, malversación de los bienes eclesiásticos y desleal administración en los asuntos tanto espirituales como temporales. En la sesión XII, en la fecha, el Concilio le depone. JUAN XXIII recibe la sentencia humildemente, es excomulgado y queda en prisión durante cuatro años.

Tras la muerte de Papa Inocencio VIII, RODRIGO DE BORGIA, I), es elegido papa por unanimidad, con el nombre de ALEJANDRO VI (11.8.1492-18.8.1503). Su inmoralidad es notoria, algo que los no católicos utilizarán luego como argumento para atacar al Papado en su conjunto. (Se conserva su correspondencia privada, en catalán.) Uno de los aspectos controvertidos de la elección papal de ALEJANDRO VI es si ésta fue o no simoníaca. Los cronistas antiborgianos de la época refieren que tras el cónclave, podían verse los pares de mulas cargadas de oro desde la residencia de ALEJANDRO a las de los cardenales que le habían votado. Este tema, junto con los envenenamientos, el incesto, las orgías en el Vaticano y el asesinato de su hijo JUAN forman el núcleo de la leyenda negra de los BORGIA.

Muerto Pío III, le sucede en el papado Giuliano della Rovere que toma el nombre de JULIO II (31.10.1503 – 21.2.1513) en el cónclave más breve de la historia, de tan sólo unas pocas horas de duración. Es enemigo de los BORGIA. Obtiene 35 de los 38 votos posibles, incluidos los de los 11 cardenales españoles que, desaparecido Alejandro VI, todavía obedecían las órdenes de su hijo César Borgia. El Papa JULIO II -llamado el Terrible-, ha tenido una juventud bastante «salvaje». Como Papa, será moralmente irreprochable, pero con una actitud más propia de un caudillo militar o de un estadista que de un eclesiástico. Inteligente y enérgico, lo primero que hace es fortalecer los Estados Pontificios para salvaguardar su independencia. Promulga una Bula para evitar que la elección de los Papas pueda ser objeto de «transacciones», estableciendo que la simonía hará la elección nula o inválida y que los cardenales culpables de ese pecado serán severamente castigados.

Aunque la Inquisición funciona desde hace siglos, es el papa PABLO IV quien la introduce en Roma y se muestra implacable con los enemigos de la Iglesia. Además, como napolitano odia a los españoles, que tienen sometida su tierra desde hacía varios siglos. Entre los adjetivos que les dedica, se encuentran los de sucios, bárbaros y herejes, hez de la tierra […] y es gran desgracia que los italianos se vean sujetos a servir a esta canalla… PABLO IV hace un esfuerzo personal durante su reinado para reformar rápidamente la Iglesia mediante bulas y decretos. A la Comisión de reforma constituida por doscientos miembros presididos por él, le sucede la Inquisición a cuyo tribunal son sometidas casi todas las cuestiones relativas a la reforma y del que pocos cardenales y obispos se libran. Califica de herejía el pecado de simonía. Ni siquiera hombres tan íntegros y dignos de confianza como los Cardenales Morone y Pole quedan libres de sospechas, y el primero de ellos llega a ser encarcelado como presunto hereje en el castillo de Sant’Angelo.