Los Reyes Católicos, habiendo conquistado Málaga, se dirigen a Aragón, donde las Cortes votan un subsidio para la guerra de Granada. Por otra parte, se establece la Santa Hermandad, igualmente como funciona en Castilla. Los reyes se dirigen después a Valencia donde reunidas también las Cortes, informan a los reyes de los males que comportan al país el poder de los bandos y partidos agitadores. Los soberanos dictan entonces que no sea el poder de los partidos, sino las sentencias legales de los jueces y de los tribunales los que decidan.

Para tener las manos libres en Italia, CARLOS VIII, prefiere -en la fecha- conseguir la neutralidad de FERNANDO el Católico, retrocediendo -por el tratado de Barcelona- Rosellón y Cerdanya. Se firma, pues, en esta ciudad, en esta fecha, un acuerdo entre CARLOS VIII y FERNANDO II de Aragón, mediante el cual los reyes de Aragón y Castilla se comprometen a no ingerirse en la empresa francesa contra Italia; a cambio, Francia devuelve a la Corona de Aragón los territorios condales de Rosellón y Cerdanya, que habían sido entregados por Juan II de Aragón a los franceses como pago por sus servcicios prestados en la Guerra Civil Catalana de 1462. El acuerdo quedará roto dos años después debido a las desavenencias entre ambas partes firmantes.

También en la Corona de Aragón se fortalecen las atribuciones de los lugartenientes generales, lo que resulta lógico debido a los largos períodos de ausencia del rey FERNANDO de los territorios de la Corona de Aragón.

En la Corona de Aragón, debido a la tradición pactista, le resulta más difícil al poder monárquico potenciar las instituciones centrales de gobierno. A fin de liquidar el papel político de las principales instituciones del país y también para acabar con las prebendas y complicidades creadas en torno a los cargos de diputado, FERNANDO II impone la insaculación a la Generalitat (1493) y al Consell de Cent (1498). La insaculación es un sistema de elección de los cargos consistente en introducir los nombres de los candidatos en una bolsa (o en un saco) y escogerlos al azar. FERNANDO se reserva para el resto de su reinado la posibilidad de controlar qué nombres pueden ser ?insaculados y cuales no. De esta manera se liquida cualquier forma de oposición política organizada desde las instituciones del país. No es necesario decir, sin embargo, que nada más una minoría muy selecta tendrá la posibilidad de poder ser inscritos entre los que han de salir elegidos. (Será el mismo sistema que impondrá Felipe IV cuando conquiste Barcelona durante la Guerra dels Segadors (1652)

En cuanto al comercio se decide en 1494 que la Corona de Aragón reanude la ruta que se dirige hacia Alejandría. Por otra parte, se acuerda reservar el mercado de Nápoles y de Sicilia para lo tejidos fabricados en Catalunya.

Hacia 1495 se inicia una recuperación de la economía catalana. Se reanuda la navegación comercial hacia Sicilia, Nápoles, Cerdenya, Norte de África y próximo Oriente, a pesar de la proliferación de piratas y corsarios, gracias a una flota de vigilancia, armada conjuntamente por Catalunya, Valencia y Mallorca.

El 7 de abril de 1498, se procede en Barcelona, en la habitual plaza del Rei, a la quema de todas las biblias y todos los libros de ella derivados que no estén escritos en latín. Una cifra que refleja el ambiente que la Inquisición ha creado en Barcelona es que de una población de unas 30.000 almas, no tardan en abandonarla unos tres mil ciudadanos, lo que agrava la crisis económica que ya padece Barcelona.

FERNANDO II de Aragón y LUIS XII de Francia firman en 1500 un tratado reservado (el Tratado de Chambord-Granada) repartiéndose el reino de Nápoles, adjudicando al francés las provincias de Labor y los Abruzos, con los títulos de rey de Nápoles y de Jerusalén y el español el resto, con el título de duque de Pulla y de Calabria.

LUIS XII de Francia, más realista que su antecesor, Carlos VIII, llega a un acuerdo con FERNANDO el Católico. En efecto, el “Tratado de Granada” supone el final de las negociaciones entre FERNANDO el Católico y LUIS XII de Francia, en virtud de las cuales, FEDERICO I de Nápoles es desposeído del trono. La zona norte del reino quedará bajo la influencia francesa y todo el sur, bajo el poder español.

Francia cede Nápoles ala Corona de Aragón tras las victoriosas campañas de Gonzalo Fernández de Córdoba, el Gran Capitán. Luis XII retira sus aspiraciones sobre Italia.