Se firma el tratado de paz de Meaux por el que se deja todo atado para que el condado tolosano pase a Francia. Se hace jurar a los tolosanos que obligarán a su conde a cumplir el tratado. De hecho cuando años después, en 1271, mueran sin sucesión, en un intervalo de tres días, Juana, la hija de RAMON VII y su marido Alfonso, hermano del rey de Francia, el Languedoc ya será francés y Tolosa, una de tantas ciudades del reino de Francia.

Pero la sexta Cruzada (1228-1229) no fue tal. FEDERICO II como no experimentaba el sacrosanto impulso de aniquilar al infiel, no sabe como entrar en combate, así que prefiere negociar con el enemigo. Así lo hace y el simple despliegue de su ejército atemoriza al sultán Al Kamil de El Cairo, que cede los principales santuarios y ciudades de Tierra Santa -Jerusalén, Belén y Nazaret y las ciudades sirias de Tiro y Sidón- a la cristiandad, así como un corredor hasta la costa. FEDERICO II le persuade asimismo de que formule una promesa de paz lo que consigue mediante una tregua de diez años. Este extraño pacto suscita grave indignación entre los pueblos cristianos. Por otro lado este acuerdo no prevalecerá y continuarán las luchas entre los cristianos y el islam turco.

FEDERICO II, aprovecha la ocasión y se casa en segundas nupcias con Violante (Yolanda), la joven hija del rey titular de Jerusalén, Juan de Brienne, lo que, al producirse el fallecimiento de éste, en la fecha, le permite ser coronado -sin ningún tipo de ceremonia religiosa- rey de Jerusalén, en la basílica del Santo Sepulcro. (Desde entonces, uno de los títulos del emperador alemán y del emperador de Austria hasta 1918).

El éxito de FEDERICO II en Tierra Santa no apacigua al Papa GREGORIO IX que, en su ausencia, invade Dos Sicilias. Pero Rainaldo de Espoleto, vicario imperial, invade el Patrimonio de San Pedro. FEDERICO II, confiando la regencia de Jerusalén a Balian d’Ibelin, Señor de Sidón, regresa a Europa y expulsa a las tropas papales de la Italia inferior derrotando completamente entre uno y otro a las tropas pontificias. Para fortalecer su poder en el Este envía a san Juan de Acre a Ricardo Filagieri, mariscal del Imperio, a quien nombra baile (guardián) del reino. El nuevo regente combatirá la influencia de los ibelinos y tratará de asegurar la posesión de la isla de Chipre, pero el reino será conquistado y tendrá que contentarse con colocar una guarnición imperial en Tiro (1232).

La Orden Teutónica inicia la difícil conquista de las tierras prusianas, secundada por cruzados polacos, bohemios y alemanes y respaldada por la autoridad del Papado y del emperador germánico. Los obispos alemanes lanzan una cruzada permanente contra los pueblos del Este. Hasta fines del s. XIII se producirán diversos levantamientos prusianos.

La apertura de un paso por el Gotardo, hacia 1230, aumenta el interés de la familia imperial por los lejanos valles, como lugar de paso hacia Italia, donde mantienen una interminable querella con el Papado.

A raíz del predominio de las tareas militares, la dirección de la orden es asumida a partir del año 1230 por los «hermanos caballeros» políticamente independientes. Los «hermanos sacerdotes», asi como los llamados «hermanos sirvientes», pierden influencia y son paulatinamente excluidos de los cargos importantes de la orden.

Tras desembarcar en Brindisi, FEDERICO II logra derrotar a las fuerzas pontificias y lombardas en Cortenuova expulsándolas de los territorios imperiales y firmando, en la fecha, la Paz de San Germán por la que a cambio de que el Papa revoque su excomunión -cosa que hizo en el mes de agosto- , el emperador asegura a la Iglesia sus posesiones territoriales. FEDERICO no cumplirá las cláusulas del tratado de paz y la guerra se reanudará.

El papa GREGORIO IX se dirige al arzobispo ASPARGO de Tarragona diciéndole que la Santa Sede tiene conocimiento de que la herejía cátara ha penetrado en varias diócesis españolas y exhorta a dicho arzobispo y a sus sufragáneos los obispos, a que se opongan al proceso del error buscando y haciendo buscar a los herejes y sus partidarios conforme a las disposiciones de su bula de este mismo año. El arzobispo de Tarragona contacta con el provincial de los dominicos, RODRÍGUEZ de Villares, cuyas funciones se extienden a los cuatro reinos cristianos de la Península -Castilla, Corona de Aragón, Navarra y Portugal-, y le encarga que designe los religiosos de su orden que juzgue más idóneos para el empleo de inquisidor. Dicha bula es también remitida al obispo de LLeida que al punto la manda ejecutar en su diócesis, donde se establece la primera inquisición española.

El papa GREGORIO IX, publica una bula de excomunión «Excommunicamus», para todos los herejes en la que decreta que es justo que la Iglesia apoye los derechos del Estado de infligir la pena capital por la grave amenaza que los herejes representan para su propia existencia. En este mismo año, GREGORIO IX, siguiendo lo instruido en el Concilio de Narbona (1229), decreta también, que los cátaros, patarenos y otros pueden ser entregados por la Iglesia a los jueces seculares, después de fallada su culpabilidad, ordenándose a los católicos bajo pena de excomunión que denuncien a los herejes o sus reuniones clandestinas e incluso que señalen a aquellos cuyos hábitos de vida son distintos de los de sus vecinos. Asimismo, ordena a las Jerarquias la publicación de sus decretos referentes a los herejes y que traten de inducir a las autoridades civiles locales que lleven a efecto los mandatos imperiales. Esta inquisición, la inquisición pontificia, estará dirigida directamente por el Papa y funcionará sobre todo en el sur de Francia y en el norte de Italia. En España, existirá en la Corona de Aragón desde 1249, pero no en la de Castilla..