Como consecuencia de la gran derrota que ALFONSO VI ha sufrido en Badajoz, a cargo del almorávide YUSUF, el rey decide levantar el destierro al CAMPEADOR. El CID, que ha estado guerreando en levante en forma tal que, en suma, ha resultado beneficiosa para Castilla y que ha servido de guardián de su flanco suroriental, vuelve al favor del rey, que le entrega señoríos y reconoce la importancia de su labor. Por otra parte, la derrota de ALFONO VI no tiene efectos de tipo territorial ya que tras ella YUSUF regresa a África, pero cambia el curso de los acontecimientos. Los cruzados cristianos ya no se enfrentan a Taifas desunidos y desorganizados, sino a un renacido imperio musulmán que hace la guerra santa. La política de ALFONSO VI tiene que variar su orientación.

ALFONSO VI recompensa largamente los servicios militares prestados por RAIMUNDO y ENRIQUE de Borgoña. Al primero le concede el gobierno de Galicia y la mano de su hija legítima, URRACA; al segundo, las tierras comprendidas entre el Miño y el Tajo, y la mano de su hija ilegítima, la infanta TERESA. De esta manera, RAIMUNDO pasa a gobernar Galicia con el título de conde y ENRIQUE queda investido hereditariamente con el dominio de la tierra «portugalense» que regirá con el título de conde de Portugal. La legitimidad de URRACA significa que, en ausencia de heredero varón, a ella le corresponde la corona de Castilla.

El Papa URBANO II devuelve al arzobispo de Toledo -que ha sido reconquistada por ALFONSO VI en 25/5/1085- el título de primado de España. Gran amigo y admirador de ANSELMO -bendictino, prior de la escuela monástica en Bec, Normandía- , lo impulsará a continuar sus trabajos teológicos.

Antes de terminar 1088, se produce un nuevo desencuentro entre el CID y su rey. ALFONSO VI ha conquistado Aledo (provincia de Murcia), desde donde pone en peligro las taifas de Murcia, Granada y Sevilla con continuas algaradas de saqueo. Las taifas andalusíes solicitan de nuevo la intervención del emperador almorávide, YUSUF ibn Tashufin, que sitia Aledo el verano de 1088. ALFONSO acude al rescate de la fortaleza y ordena al CID que marche a su encuentro para sumar sus fuerzas, pero el Campeador, que se dirige hacia Murcia, no acaba por reunirse con su rey, sin que se pueda discernir si la causa es un problema logístico o la decisión del CID de evitar el encuentro. En todo caso, ALFONSO VI vuelve a castigar al CID con un nuevo destierro aplicándole además una medida que solo se ejecuta en casos de traición, que conlleva la expropiación de sus bienes; extremo al que no había llegado en el primer destierro. Es a partir de este momento que el Cid comienza a actuar a todos los efectos como un caudillo independiente y plantea su intervención en Levante como una actividad personal y no como una misión por cuenta del rey.

ALFONSO VI tiene conciencia de obrar en ejercicio del derecho supremo que le asiste, aunque ni la dignidad del título imperial que ostenta ni el ascendiente político manifiestan todavía la existencia de una estructura política. Es desde esta concepcíón del poder desde donde son comprensibles ciertas de sus contradictorias decisiones, como la cesión de algunos territorios a sus yernos en propiedad hereditaria -Galicia, a Urraca y Raimundo (1090-1103)-.

Pese a la amenaza que representa la invasión de los almorávides, BERENGUER RAMON II se integra en el pacto promovido por ALFONSO VI de Castilla y en el que participa también SANCHO I RAMÍREZ de Aragón. De acuerdo con el mismo, el rey castellano atacará Valencia y los del conde de Barcelona y aragoneses se lanzarán contra Tortosa. Pero ambos intentos resultan un fracaso.

El CID que se dedica a rehacer su dominio sobre el litoral valenciano, tiene que interrumpir su guerras, porque la reina Constanza le escribe en 1091, deseando reconciliarle con ALFONSO VI. El CID acude a formar parte de una expedición que contra los almorávides de Granada dirige el rey; pero éste le despide receloso e implacable. El CID vuelve a persistir en la conquista de Valencia.

ALFONSO VI pretende crear una línea defensiva adelantada que vaya de Lisboa a Valencia. Como primer objetivo, ALFONSO VI de Castilla, establece una alianza con Aragón, Barcelona, Génova y Pisa para tomar Valencia a los musulmanes, pero al realizar el ataque, sus aliados no llegan a tiempo y la intentona fracasa.

ALFONSO VI pone Lisboa bajo la soberanía de RAIMUNDO de Borgoña, su yerno, que gobierna ya Galicia y Portugal. El eje Lisboa-Valencia se completa con Cuenca, Ocaña, Consuegra, Uclés y los castillos del Tajo que le había ofrecido Zaida, viuda de Faths al Ma’mum, al refugiarse en Toledo.

Descalabro que sufre ALFONSO VI en Consuegra, donde las tropas que acuden a socorrer a Toledo son vencidas por YUSUF. En este batalla muere precisamente DIEGO RODRÍGUEZ, único hijo varón del CID.