El monopolio del comercio con América supuso la creación, por los Reyes Católicos, de la Casa de Contratación y el desarrollo de dos puertos: Sevilla y Cádiz. Cualquier nave que se dispusiera a cruzar el océano debía solicitar la correspondiente licencia y comprar las cartas de navegación. Este monopolio se mantuvo casi tres siglos, trascendentales para el desarrollo del puerto de Cádiz y de ciudades del otro lado del océano, que se edificaron a imagen y semejanza de la antigua ciudad europea. La Habana, Cartagena de Indias…La relación entre una y otra orilla fue más allá de lo comercial. Cádiz se reflejó en América, donde hoy aún podemos ver en los puertos más importantes el reflejo de esta ciudad y de la idiosincracia gaditana y viceversa. Llegaremos hasta el siglo XIX cuando, como consecuencia de la liberalización del comercio con América, se inicia el declive del puerto de Cádiz.

Ni que decir tiene que COLÓN está convencido de que ha llegado al continente asiático. En cualquier caso rápidamente comienzan los preparativos de un segundo viaje que parte de Cádiz el 25 de septiembre de 1493. En esta ocasión participan 17 navíos y más de mil expedicionarios, provistos de los elementos necesarios para llevar a cabo en las Indias una labor de colonización. Durará hasta el 11 de junio de 1496.

No obstante, como Castilla carece de infraestructura necesaria para administrar la compleja empresa americana, el gran negocio lo harán los banqueros genoveses y alemanes y los fabricantes italianos y flamencos. También habrá mucho negocio para los contrabandistas que llevarán y traerán productos sin pasar por Sevilla. La Casa de Contratación será desplazada a Cádiz en 1717 y abolida en 1790, doce años después de la autorización a otros puertos hispánicos para comerciar con América (1778).

El navegante portugués Fernando de Magallanes, considerándose agraviado por el gobierno de Lisboa, se dirige a España, donde manifiesta que si se navega lo suficiente al oeste de la línea de demarcación, se alcanzará Asia sin violar los términos del tratado de Tordesillas. CARLOS V -que se encuentra en Barcelona- piensa que merece la pena probarlo, y pone a disposición de Magallanes cinco barcos y 327 hombres. Éstos zarpan de Sanlúcar de Barrameda (Cádiz) España el 20 de septiembre de 1519. (Había salido de Sevilla el 10 de agosto). Lo que sigue tal vez sea el más grande periplo marítimo de la historia. Magallanes pone proa a la costa de Sudamérica, buscando un paso que le permita rebasarla. Gracias a este viaje se descubrirá el paso entre el océano Atlántico y el Pacífico y se acabará haciendo la vuelta al mundo por primera vez, demostrando al mismo tiempo que la Tierra es esférica.

En la fecha, una flota inglesa compuesta de 30 naves al mando del pirata DRAKE ataca la bahía de Cádiz y destruye 33 barcos españoles. Después saquea Lisboa, se apodera de un barco español que transporta un tesoro, y destruye buena parte de los suministros destinados a la Armada, incluida gran cantidad de duelas de madera desecada destinadas a construir barriles en los que transportar el agua y las provisiones. Los barcos pueden ser reemplazados, pero aquella madera no. Aun así, el proyecto no es abandonado. Este ataque es una muestra de la guerra encubierta que emprende Inglaterra con España, ya que utiliza para ello a corsarios y piratas, por la hegemonía naval en el Atlántico.

Se procede a quemar, en la plaza del Mercado (Zaragoza), en efigie, al exsecretario del FELIPE II, Antonio PÉREZ -refugiado en Francia-, bajo las acusaciones de sodomía, hostilidad al Santo Oficio, y “ascendencia judía”. Antonio Pérez recibe en Francia el apoyo de Enrique de Navarra para intentar una invasión francesa encaminada a convertir a Aragón en una república, pero fracasará. Más tarde Pérez se trasladará a Inglaterra, donde ofrecerá información, que servirá para el ataque inglés a Cádiz en 1596, y estimulará la leyenda negra contra Felipe II.

FELIPE II busca la paz con ENRIQUE IV, rey de Francia y de Navarra, pero prepara obstinadamente una nueva invasión de Inglaterra y en los astilleros y puertos de Cádiz se construyen lanchas, bajeles y embarcaciones con destino a Calais, lugar del que la armada habría de partir en su día para desembarcar en Irlanda.

En septiembre de 1625, una flota de noventa naves inglesas aparece frente a Lisboa, pero se dirige hacia el sur sin atacar, siguiendo la línea de la costa. El 7 de octubre entran en la bahía de Cádiz y lord Wimblendon ordena desembarcar a 10.000 hombres, que ocupan la torre del Puntal. La defensa civil dirigida por Fernando Girón recibe refuerzos del duque de Medina Sidonia, gobernador de Andalucía, repeliendo la invasión.

El 21 de octubre de1639, tiene lugar la batalla naval de las Dunas, batalla entre las armadas española y holandesa en la rada de las Dunas -o de los Bajíos- (The Downs), cerca de la costa del condado de Kent, en Inglaterra, en el transcurso de la Guerra de los Ochenta Años. En Cádiz se ha formado una escuadra de 23 barcos y 1.679 hombres de mar para operar contra Francia y Holanda al mando de Antonio de Oquendo. Salen hacia Flandes, uniéndose en La Coruña a la escuadra de Dunquerque. Acompañan a la escuadra 12 transportes ingleses que llevan tropas. La misión principal es llevar tropas y dinero a Flandes.

Un ejército de la Gran Alianza compuesto de 14.000 hombres desembarca cerca de Cádiz en un momento en que no hay casi tropas en la península. El saqueo de los dos puertos gaditanos de Rota y Santa María por la escuadra anglo-holandesa el 23 de agosto de 1702 obliga a la flota de Indias a refugiarse en el puerto de Vigo. Se reúnen tropas españolas a toda prisa, recurriéndose incluso a fondos privados de la esposa de FELIPE V, la reina María Gabriela de Saboya (que en el futuro será conocida afectuosamente por los castellanos como “la saboyana”), y del cardenal Portocarrero. Sorprendentemente, este ataque aliado es rechazado. Cádiz no es tomada y el ejército aliado reembarca. Los sacrilegios cometidos por las tropas aliadas del archiduque CARLOS de Austria causan una fuerte conmoción en Andalucía, hasta entonces poco interesada en la Guerra de Sucesión.