A partir de la segunda mitad del siglo X, cuando el papado se unió a la dinastía otónica, en Bizancio la fidelidad a la Santa Sede, no tenía ya consistencia alguna. Los cristianos más selectos del Oriente, que siempre habían apoyado la unión con Roma, v. gr., en la lucha contra las imágenes y durante el cisma de Focio, ahora se separan del Papa, porque éste termina por reconocer al mismo Focio, y porque ayuda en más de una ocasión a subir al trono patriarcal a sujetos verdaderamente indignos, como el joven Teofilacto, que fue elegido a los diez años y consagrado a los dieciséis, y que en su manía por los caballos no tuvo reparos en abandonar los oficios del Jueves Santo ante la noticia de que su yegua favorita acababa de traer un hermoso potro. Así las cosas, MIGUEL CERULARIO, en la fecha, reúne un sínodo de la Iglesia de Constantinopla excomulgando a los legados papales. Poco tiempo después, las iglesias orientales se unen a la de Constantinopla y arrastran al cisma a los pueblos por ellas evangelizadas: Serbia, Bulgaria, Rusia, Rumania. Etc. Se consuma así el CISMA DE ORIENTE y la separación entre Roma y Constantinopla es un hecho que aún perdura.

En el 1056 se celebra un concilio en Tolosa, donde se acuerdan una serie de medidas para acabar con la simonía, en pro del celibato eclesiástico, normalmente conculcado, y contra la usurpación de los bienes eclesiásticos, los tres males de la época.

El Sínodo de Letrán de 1059 declara que sólo los cardenales pueden canónicamente elegir al papa.

NICOLÁS II reúne en Letrán en la Semana Santa de 1059, un sínodo que decidirá definitivamente la forma de elección papal. La consiguiente encíclica «Vigilantiae Universali» establece que ningún clérigo debe aceptar la investidura de manos de un seglar; dictamina la excomunión de los sacerdotes casados que no repudien a sus esposas y prohibe a los laicos participar en misas celebradas por ellos. De su encarnizada lucha contra el matrimonio de los clérigos, deriva el término nicolaísmo. En este mismo concilio se prohibe a los sacerdotes obtener cargos eclesiásticos a cambio de dinero (simonía). En cuanto a la elección papal, queda definitivamente anulado el principio de la «communio», según el cual todos los miembros de la Iglesia tienen derecho a participar en la elección del pontífice, lo que ha permitido los excesos de la nobleza romana. Se establece que en el futuro sólo los cardenales tendrán derecho al voto. Esto deja al margen al emperador a quien sólo se reserva el derecho de ser informado de la elección después de haberse efectuado ésta. Salvo circunstancias excepcionales, la elección debe realizarse en Roma.

El enfrentamiento con el Sacro Imperio, que la Iglesia ha provocado con las decisiones del sínodo de Letrán de 1059 no es considerado pasajero porque lleva implícito la independencia o no de la propia Iglesia. Esta situación hará que el papa NICOLÁS II busque nuevas alianzas para la futura lucha con el emperador. Así, busca la alianza con los normandos que se encuentran solidamente asentados desde 1016 en el sur de Italia. Enviado por el pontífice, HILDEBRANDO viaja al sur de Italia. La alianza con los normandos, cristalizará en el sínodo de Melfi (1059) en el que se firmará un tratado con ROBERTO Guiscardo, el Zorro, en el que se legitiman las conquistas normandas y se ceden a los mismos, como feudo papal, una serie de territorios que hasta entonces eran imperiales; a cambio, NICOLÁS II, obtiene el reconocimiento del Benevento como territorio pontificio, recibirá un tributo y auxilio armado. ROBERTO recibe del papa el título de duque de Apulia y Calabria; en contrapartida, el normando se declara vasallo del pontífice.

La Italia meridional nunca ha formado parte de los Estados Pontificios, pero sí ha estado sujeta a vasallaje de éstos durante el periodo de dominación normanda (1017 – 1139). En 1059, mediante el concordato de Melfi, dimanado del concilio celebrado en esta ciudad, el papa NICOLÁS II otorga a los normandos Ricardo de Aversa la investidura del principado de Capua, y a ROBERTO Guiscardo, el Zorro, la del ducado de Apulia y de Calabria, así como, para un futuro, del señorío de Sicilia. Como contrapartida a la unción papal con que se ven dignificados, se comprometen éstos a prestar vasallaje al sumo pontífice en todo momento.

Los nobles romanos, irritados con la nueva ley derivada del sínodo de Letrán de 1059, encabezados por los CRESCENCIO y los TÚSCULUM, ahora con el apoyo de la emperatriz regente, INÉS, que no están de acuerdo con el nombramiento de ALEJANDRO II reúnen un concilio en Basilea y eligen antipapa a Pietro Cadalus, obispo de Parma, quien toma el nombre de HONORIO II (28.10.1061 – 1072). Con las tropas imperiales, el antipapa logra apoderarse de Roma.

Un hecho político viene a volcar la situación en favor del legítimo papa ALEJANDRO II: El poderoso arzobispo de Colonia, ANNÓN, depone a la emperatriz viuda, INÉS, y es proclamado regente. De inmediato, en el año de la fecha, un sínodo convocado por el regente depone al antipapa HONORIO II y reconoce a ALEJANDRO II.

En la fecha, el cardenal HUGO Cándido, monje de Cluny, viaja a Barcelona, y protegido por su paisana y favorecedora ALMODÍS, esposa del conde RAMON BERENGUER I el Vell, logra que se celebre un Sínodo en aquella ciudad, y se prohiba el Oficio español o mozárabe en el condado.

A partir de 1073, en virtud de una decisión del Concilio de Roma celebrado bajo el pontificado de GREGORIO VII, se prohibe la utilización del título de «Papa» a cualquier obispo que no sea el de Roma. (Hoy en día, el título en Occidente está limitado al obispo de Roma, cabeza de la Iglesia Católica, y en las iglesias ortodoxas a todos los sacerdotes siendo un equivalente al «padre» católico).